兰州大学青藏高原人文环境研究院内设办公室、青藏高原人文环境研究室、区域国别研究室、人文环境数据中心等4个机构。兰州大学青藏高原人文环境研究院设院长1人、执行院长1人、副院长2人，共编制25个。

机构职责：

1.办公室：主要职责是承担研究院的日常工作协调、财务管理、保密安全管理、固定资产管理、后勤服务保障等；

2.青藏高原人文环境研究室：主要职责是承担境内青藏高原人文环境数据的采集、整编、应用、更新和研究性支撑工作；

3.区域国别研究室：主要职责是承担人文环境数据的采集、整编、应用、更新和研究性支撑工作；

4.人文环境数据中心：主要职责是承担数据工程平台体系运维、项目任务区数据节点建设和人文环境数据的更新建设任务。